I ett uttalande anger IPMA att de "rullande molnen" bildades till havs omkring kl. 15.30, efter att ha närmat sig västkusten på Portugals fastland mellan Peniche och Póvoa de Varzim mellan kl. 17.00 och 18.00.
Enligt IPMA är rullande moln "relativt sällsynta" och inkluderades i Världsmeteorologiska organisationens molnatlas först vid den senaste revideringen 2017.
Badgästerna överraskades av ett moln som såg ut som en jättevåg och som åtföljdes av starka vindar på grund av temperaturskillnaden mellan land- och havsytan.
Molnen, som tillhör arten "volutus" (på latin), är rörformade eller rullformade, formas runt en horisontell axel och förknippas vanligtvis med molnsläktena altocumulus (skikt eller lager av vita eller grå moln) eller stratocumulus (låga moln med rundade och cylindriska massor).
Med hjälp av en bild av den portugisiska kusten som tagits av 3:e generationens Meteosat-satellit rapporterade IPMA "förekomsten av ett stört flöde med vågor i atmosfären, så kallade interna gravitationsvågor, särskilt i ett lågt skikt av atmosfären".
Värmeböljan som drabbade kontinenten under helgen orsakade bränder på söndagen, men också instabila meteorologiska fenomen, som kraftigt regn och starka vindar, åskväder och hagel.
På grund av värmeböljan har IPMA placerat sju distrikt på fastlandet i röd beredskap mellan söndag och tisdag: Lissabon, Setúbal, Santarém, Évora, Beja, Castelo Branco och Portalegre.
De återstående distrikten kommer att ha orange (den näst allvarligaste) och gul varning, som varierar från dag till dag.