Fordon och inspektörer från de tyska och portugisiska myndigheterna hade redan börjat lämna platsen på tisdagen, efter att ha sökt efter bevis som skulle kunna lösa mysteriet kring det brittiska barn som försvann för 18 år sedan.
För tre dagar sedan sökte 30 inspektörer från den rättsliga polisen och lika många tyska poliser igenom ruiner av byggnader, övergivna cisterner och brunnar på dussintals fastigheter i Atalaia-området mellan Praia do Porto de Mós och staden Luz, på platser där Christian Brüeckner, den misstänkte som identifierats av de tyska myndigheterna för kidnappningen och mordet på Madeleine, tros ha passerat.
I arbetet användes banbrytande radar, utrustning som gör det möjligt att identifiera förändringar i marken, röjsågar för att röja delar av marken och flera föremål samlades in för att analyseras av den tyska polisen.
De sökningar som de tyska myndigheterna begärt syftar till att hitta alla spår som kan koppla Brüeckner till den brittiska flickans försvinnande.
Brüeckner sitter fängslad i Tyskland för att ha våldtagit en amerikansk medborgare i Algarve, men kan komma att släppas under de kommande månaderna.
Polisutredningen genomfördes efter en europeisk utredningsorder som utfärdats av de tyska myndigheterna och godkänts av samordnaren för åklagarmyndigheten i Faro-distriktet.
Åklagarmyndigheten i Braunschweig, Tyskland, leder det pågående förfarandet och har begärt att husrannsakan ska genomföras i Lagos kommun.
Enligt en källa inom den portugisiska polisen kommer alla bevis som beslagtagits under husrannsakningarna att överlämnas till de tyska myndigheterna med tillstånd från den portugisiska åklagarmyndigheten.